El Centro cuenta con los siguientes departamentos y programas:
- Departamento de Orientación
- Departamento de Enseñanzas Iniciales
- Departamento de Comunicación y Sociedad
- Departamento de Matemáticas y Naturaleza
- Departamento de Actividades Complementarias y Extraescolares
- Programa de Calidad
- Programa de Educación a Distancia: Aula Mentor
- Programa de Animación Sociocultural